《Halo：The Master Chief Collection》的故事圍繞著主角Chief和敵對勢力Covenant的衝突展開。Covenant計畫消滅所有生命體，並找到了地球這顆未被發現的適合生命存在的星球，派出了軍隊去進攻地球。當時地球上的人類為了抵抗這些敵人，成立了聯合防禦聯盟，並且發現了一件傳說中的神器“Onyx”。這件神器能幫助人類抵禦敵人。但這個神器並不穩定，如果不慎損壞可能會造成嚴重後果。所以聯合防禦聯盟一直在尋找合適的人來保管這件神器，並且也在尋找新的可以信賴並戰鬥的夥伴。Chief是其中一位極其優秀的戰士，他在接受了這個任務之後被送到了宇宙中執行這個保護人類生命的使命。他和他的夥伴們在抵抗Covenant的過程中不斷奮鬥，最終成功地保護了地球和其他星球的安全。這個故事系列包含了多個遊戲和劇情，讓玩家們可以深入了解這個系列的世界觀和角色故事。