《鋼鐵俠3》的故事圍繞著托尼·斯塔克（Iron Man）展開，講述了托尼在反派角色羅伯特·唐尼（Thaddeus Ross）的威脅下，必須保護他和他的家園不受破壞的故事。
故事中，托尼面臨了新的威脅，他必須重新打造和提升他的鋼鐵盔甲，以應對更強大的敵人。同時，他還需要面對他的過去、現在和未來的種種問題。
此外，故事中還引入了一些新的角色，如黑寡婦、小羅伯特·唐尼和科爾森領導的S.H.I.ELD聯盟等，他們成為了托尼的盟友，幫助他應對各種挑戰。
總的來說，《鋼鐵俠3》是一個充滿動作和冒險的故事，講述了托尼·斯塔克在新的威脅下的成長和挑戰。