在JOKER戰勝BATMAN的故事中，小丑殺死了酒窖中關押著的蝙蝠俠的人，這一情節是由曼哈頓博士故意釋放出來的。而在此之前，小丑得知蝙蝠俠的身份，準備對蝙蝠俠和布魯斯·韋恩下手。然而，他不僅沒能殺死蝙蝠俠，反而被蝙蝠俠重傷。在逃跑的過程中，他無意間進入了黑門一號的門洞，來到了另一條時間線。
在這條時間線中，小丑不僅成功擊敗了蝙蝠俠，甚至成為了哥譚市警察局局長和犯罪團伙的首領。小丑通過一系列的犯罪活動，讓蝙蝠俠和羅賓們疲於奔命，哥譚市也陷入了前所未有的混亂。然而，這個時間線中的蝙蝠俠也因此逐漸成長起來，最終成功擊敗了小丑和他的犯罪團伙。
在這個故事中，小丑和蝙蝠俠都經歷了成長的痛苦，也凸顯了他們的戰鬥不僅是為了保護自己的城市，更是為了守護彼此和自己的尊嚴。在這個故事中，布魯斯·韋恩從一個自信的超級英雄成長為一個獨立成熟的黑暗英雄。這個過程讓他的行為變得更加理性，並開始深入挖掘罪惡的本質。此外，小丑在這場較量中也感受到了自己存在的價值與意義。他明白即使被關押、被打敗甚至被打得毫無還手之力時也絲毫不影響他在他人心目中的地位和重要性。而最終布魯斯將罪犯一一捉拿歸案的過程，也讓觀眾對正義與黑暗的理解更加深刻。
總的來說，JOKER戰勝BATMAN的故事是一個充滿懸念和反轉的故事，它展示了蝙蝠俠和小丑之間的鬥爭以及他們自身的成長。這個故事也強調了正義與邪惡之間的鬥爭以及個人成長的重要性。