KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是系統分析基因功能、聯繫基因組信息和功能信息的知識庫。它是一個綜合資料庫，主要分為系統信息、基因組信息、化學信息和健康信息四大類。KEGG PATHWAY是其最核心的資料庫之一。
在生物體內，不同的基因產物相互協調來行使生物學功能。對差異表達基因的通路（Pathway）注釋分析有助於進一步解讀基因的功能。這種分析通常包括以下幾個步驟：
蛋白質Mapping結果統計：記錄所有鑑定蛋白的KEGG Mapping結果。
KEGG結果注釋統計：對所有鑑定蛋白進行KEGG注釋，並統計結果。
KEGG通路注釋統計：對差異表達蛋白進行通路注釋，並用不同的顏色標出與差異表達基因相關的酶，以便研究某些代謝通路相關蛋白的差異表達情況。
KEGG通路分類：將差異表達基因的KEGG注釋結果按照KEGG中的通路類型進行分類。
KEGG通路富集分析：分析差異表達蛋白在某一通路上是否出現過表達（over-presentation），即差異表達蛋白的通路富集分析。
KEGG中存在兩種代謝圖：
reference pathway：根據已有的知識繪製的、概括的、詳盡的具有一般參考意義的代謝圖，為白色小框，名字以map開頭。
species-specific pathway：綠色小框為該物種特有的基因或酶，只有這些綠色的框有更詳細的信息，名字為特定物種種屬英文縮寫。
通過KEGG，研究者可以查詢整合的代謝途徑，包括碳水化合物、核苷、胺基酸等，以及特定化合物的詳細信息。