《MEGA》的使用方法如下：
序列導入。用戶可以通過「Data」導入數據，也可以通過「file」導入數據。如果打開的檔案是比對結果，選擇「Analyze」；如果打開的檔案是序列檔案，選擇「Align」。導入序列後，會彈出MEGA比對界面。
多序列比對。用戶可以選擇「Muscle」或「ClustalW」進行比對，其中「ClustalW」一般用於DNA比對，而「Muscle」多用於蛋白比對。在比對之前，用戶需要先選中要進行比對的序列，還可以對序列或序列名進行編輯。比對參數選擇包括保存比對檔案和進化樹分析提供數據。一般導出的比對結果保存為fasta格式，或者直接點擊保存按鈕將結果保存為二進制的mas或meg檔案。
構建進化樹。用戶可以將剛剛另外儲存的meg檔案重新導入到mega程式中，並選擇構建進化樹。參數選擇包括Bootstrap測試phylogeny、UPGMA等。修改參數後，點擊「UPGMA」進行計算，得到進化樹。
轉換檔案格式。用戶可以將aln格式（Clustal的輸出檔案）轉換為meg檔案。在「MEGA」中選擇「Format...」，打開轉換檔案對話框，選擇aln檔案，點擊「OK」。轉換好的meg檔案，點存檔保存。
文本編輯和數據導出。用戶可以在「MEGA」中選擇「Conver To MEGA Format」，將數據轉化為MEGA格式。還可以選擇「Text Editor」進行數據文本編輯，或選擇「Export Data」導出數據。
以上是《MEGA》的基本使用方法，用戶可以根據具體需求進行相應的操作。