《合金裝備4：愛國者之隕》的故事發生在《合金裝備V：原爆點》之前，但是有兩名角色會在兩部作品裡出現。小島英美子是一名技術嫻熟、但是很不受歡迎的病毒開發者，她在合金裝備的前三部作品裡出場。Snake則是在遊戲中被描繪成一個傳奇的戰士，他被人們稱為“Metal Gear”或“Snake Eater”，但他的過去和身份是模糊的。
玩家扮演的是前任Metal Gear、母體，名義上的Gekko系統唯一的逃亡者——一名墮落了的Snake派僱傭兵“咬上腳鏈”，咬斷象徵蛇的生命線後只因孑然一身就踏上了逃亡之路。在逃亡的路上，他遇到了許多人物，包括被復仇之火所驅使的復仇者、技術天才小島英美子、以及在隕落前仍想為組織奉獻一切的“愛國者”。
這些人物和他們的故事線在《合金裝備4》的背景下交織在一起，形成了一個錯綜複雜的故事。這些故事也與遊戲的主題，如自由、背叛、背叛與復仇，以及現代軍事技術的影響等有關。此外，遊戲中還有許多潛入元素和隱藏要素，讓玩家可以探索整個故事線。遊戲的主線故事講述的是一個人類的悲劇，他試圖通過自己的行動來改變自己的命運，同時也揭示了人性的複雜性和脆弱性。