《MGS4》的故事圍繞著一名名叫科爾頓·理查茲的年輕海軍陸戰隊員展開。在遊戲中，他被派往了太平洋的一個小島上執行一項任務，但很快發現島上存在著一個高度先進的神秘組織，他們正在進行一項危險的研究。
在遊戲中，科爾頓需要與島上的一群反抗者合作，揭露神秘組織的陰謀，同時還要面對各種敵對勢力，包括僱傭兵、當地部落的抵抗者等。
除此之外，他還需要面對自己內心的惡魔和過去的陰影，包括對自己的親人的背叛和不忠行為等。在這個過程中，他需要找到自我救贖的方式，成為更好的人。
總體來說，《MGS4》的故事複雜、豐富、有深度，具有很高的可探索性。玩家在遊戲中的選擇和行動可能會對故事的發展產生重大影響，這也是該遊戲故事引人入勝的一個原因。