MicroRNA（miRNA）的命名遵循一定的規則，主要包括以下幾點：
簡寫。miRNA簡寫為miR。
物種名稱。在miR前加上物種的三字母縮寫，如hsa表示Homo sapiens（人類）。
順序編號。根據miRNA被發現的先後順序，加上阿拉伯數字，如miR-21。
同源miRNA。對於高度同源的miRNA，在數字後加上英文小寫字母（a、b、c），如miR-199a和miR-199b。
相同成熟體序列的miRNA。如果是由不同染色體上的DNA序列轉錄加工而成的具有相同成熟體序列的miRNA，則在後面加上阿拉伯數字以區分，如miR-199a-1和miR-199a-2。
前體兩個臂加工產生的miRNA。如果一個前體的兩個臂分別加工產生miRNA，則根據克隆實驗，在表達水平較低的miRNA後面加「」，如miR-199a和miR-199a。或者使用「-5p」和「-3p」後綴來區分，表明這些miRNA分別從前體的5'端臂和3'端臂加工而來。
確定命名規則之前發現的miRNA。如let-7，則保留原來的名字。
這些規則有助於確保miRNA命名的統一性和準確性。