NDSi的操作主要包括以下幾個方面：
開機和初始設定。NDSi在第一次開機時，需要進行初始設定，這包括設定日期、時間、名字、自我介紹、生日、喜好顏色等。完成這些設定後，主機將重啟。
攝像頭功能測試。設定完成後，系統會提示玩家測試攝像頭的功能。在攝像頭操作界面，可以使用不同的觸摸按鈕和按鍵進行操作，例如B鍵返回DSi選單，L、R、A鍵用於拍攝，X鍵切換內外攝像頭。測試拍攝後，可以選擇保存照片並返回選單。
開始遊戲。NDSi用於玩NDS遊戲的操作方法與NDSL和NDSi相同。需要注意的是，DSi選單和NDSL的操作界面有所不同，因此要選擇正確的標誌來開始遊戲。
內置軟體功能。NDSi內置了六個基礎軟體，包括主機設定、DS下載遊戲、Pic to Chat功能、DSi攝像頭、DSi音樂欣賞和DSi Shop功能。
攝像頭和音樂功能。NDSi的攝像頭拍攝和音樂功能是特別有趣的，玩家可以嘗試這些功能。
螢幕偏移修正。如果觸控螢幕有偏移，可以使用螢幕偏移修正功能。操作技巧包括直接從螢幕修正畫面處開機，以便直接修正螢幕偏移的情況。