NUUI酵素的最佳服用時間是早上空腹和晚上睡前半小時，這樣可以分別加強新陳代謝和提高營養吸收。如果用於助消化，可以在飯前半小時服用，有助於改善腸胃功能，促進消化吸收。對於腸胃功能不佳或有胃痛困擾的人羣，建議飯後服用。
服用酵素時，應保證每天有足夠的水分攝入，建議至少三杯水。使用35度以下的液體稀釋酵素，服用後最好再喝一杯水以助於吸收。酵素的推薦服用量爲一次50ml，一天兩次，總量不超過750ml。需要注意的是，酵素原液的保存溫度應控制在10℃~50℃之間，避免高溫破壞酵素結構。
此外，服用酵素時還需注意與其他食物和藥物的間隔，建議至少間隔2小時。根據個人體質和需求調整服用時間及劑量，如有疑問可諮詢專業醫生。