PDB檔案主要有兩種不同的含義和用途：
PDB檔案（Palm OS作業系統上的數據檔案類型）：
擴展名：.pdb
用途：主要用於Palm OS作業系統上，用於存儲電子書或其他數據。
生成方式：在編譯工程時與對應的模組（如exe或dll）一起生成。
閱讀和轉換：可以使用特定的PDB閱讀器打開，也可以使用專用轉換器將PDB檔案轉換成TXT檔案查看。
PDB檔案（Protein Data Bank格式）：
擴展名：.pdb
用途：主要用於生物醫學領域，用於存儲蛋白質或其他生物大分子的三維結構數據。
檔案結構：包括檔案頭、記錄索引和記錄數據。檔案頭包含資料庫名稱、屬性、創建時間等信息。記錄索引類似於書本的目錄，幫助查找具體的數據記錄。記錄數據部分才是實際的結構信息。
記錄類型：PDB檔案中包含多種類型的記錄，如標題部分（COMPND, SOURCE等）、一級結構（DBREF, SEQRES等）、雜因子（HET, HETNAM等）、二級結構（HELIX, SHEET等），以及連線注釋等。
調試用途：在軟體開發中，PDB檔案也用於本地代碼調試，建立原始碼和二進制檔案之間的聯繫，以便於調試器能夠準確地識別和調試代碼。
綜上所述，PDB檔案格式既可以指Palm OS作業系統上的數據檔案類型，也可以指用於存儲生物大分子結構的Protein Data Bank格式。這兩種格式的套用場景和用途完全不同。