PDF檔案加密主要有以下幾種方法：
密碼加密法。使用PDF編輯軟體（如Adobe Acrobat）打開PDF檔案，選擇「文檔」或「安全」選項，然後選擇「加密」或「安全性」，輸入想要的密碼，並保存加密後的PDF檔案。
數字簽名加密法。使用數字證書頒發機構申請數字證書，導入到PDF編輯軟體中，打開PDF檔案，選擇「文檔」或「安全」選項，然後選擇「數字簽名」或「安全性」，選擇證書和密鑰，設定許可權後保存加密檔案。
Windows內置加密法。在Windows系統中，對PDF檔案或資料夾右鍵選擇屬性，在「高級」選項中勾選「加密內容以便保護數據」。
壓縮檔加密法。將PDF檔案添加到壓縮檔中，在設定頁面中使用密碼保護壓縮檔。
使用第三方工具軟體加密。如「優速PDF工廠」「迅捷PDF轉換器」「Nitro PDF Pro」等，這些工具通常提供更多自定義選項和額外的安全功能。
洞察眼MIT系統透明加密法。下載並安裝該系統，打開PDF檔案，選擇「檔案」或「安全」選項，然後設定加密參數並套用。
這些方法可以根據需要的安全級別和便利性選擇使用。密碼加密和數字簽名加密提供較高的安全性，適合需要高強度保護的情況；而Windows內置加密和壓縮檔加密操作較為簡便，適合一般家庭或小型辦公室使用；第三方工具軟體則提供了更多的自定義選項和額外的安全功能。