RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism，限制性片段長度多態性）的原理主要涉及基因型之間限制性片段長度的差異，這些差異是由限制性酶切位點上鹼基的插入、缺失、重排或點突變所引起的。在RFLP分析中，基因組DNA被特定的限制性內切酶切割成大小不等的片段，這些片段的長度和數量反映了DNA分子上不同酶切位點的分布情況。通過凝膠電泳分離這些片段，並將它們轉移到濾膜上，再利用放射性或非放射性標記的探針進行雜交，可以檢測出不同片段長度的等位基因，從而揭示個體間的多態性。
RFLP分析是一種傳統的分子生物學檢測技術，廣泛套用於突變分析、基因診斷、基因定位等領域。它能夠穩定地反映DNA序列的差異，且在法醫學中用於個體識別和親子鑑定等方面也有重要套用。