《Silent Hill 2》的故事大綱大致上如下：
主角德魯（DREU）是在前作的淨化之雪影響下出現記憶錯亂的戰士，在希爾頓酒店進行防衛戰之後，德魯帶著記憶碎片找到一名女孩並發現自己的女兒在 Silent Hill 附近遭受危險，所以需要調查並找回女兒。德魯將這一切作為主要行動目標，但在這過程中會遭遇各種生物、突變體、食屍鬼、大群殭屍以及人性的惡，而他在面對這一切的過程中也會逐漸失去自我。
遊戲在故事情節上相對複雜，主要角色的塑造和情感表達也比較深入，為玩家提供了豐富的情感體驗和複雜的情節線索。