《Silent Hill 2》的故事圍繞著伊森·梅森展開，他是來自小鎮謝爾頓的警察局的前任探長。他在處理一次案件時被趕出了警局，並且失去了自己的女兒。後來，他得知了Silent Hill的一個秘密組織“彼岸”的存在，以及與該組織有關的危險實驗。他逐漸發現了自己捲入了一場未知的命運之中，並在自己的幻覺和現實之間徘徊。在故事的高潮中，伊森試圖揭示他深感內疚的鄰居庫勒·佩雷茲(Ellis's killer)的真面目，並且深入到了Sharon Cave最恐怖、最致命的記憶深處。最終，他發現“彼岸”組織的真實目的和實驗是關於創造一種能將靈魂轉移到活體生物的惡魔，以此來滿足他們永無止境的欲望。
然而，這並不是整個故事的全部。遊戲中的一些其他角色也有自己的故事線，並且還有一些隱藏的故事線沒有完全揭示。玩家在遊戲過程中可以逐漸了解這個小鎮的歷史和居民的悲慘命運。遊戲也探討了一些道德和倫理問題，比如在一個無法承受重壓、一個秘密機構與一群混亂人們相互之間的命運的中小城鎮，一個喪父、離婚的單親爸爸與警局之前腐敗成性的持續投訴到底要何去何從，究竟選擇放下執著拋棄公正讓他內心所恐懼失去妻女悲劇繼續重演的風險是不是大過於真正揭示犯罪背後的陰暗目的以及更加警惕這種可能威脅無辜人的險惡行為？這些問題引發了玩家對這個故事的深入思考。