《碟中諜3》的故事圍繞著伊森·亨特展開，他發現了一筆價值數百萬的丟失資金，而這筆錢是破解一系列恐怖攻擊的關鍵。為了阻止更多的破壞，伊森決定追蹤這筆錢，同時面對各個方面的威脅和挑戰。影片還加入了一些新的角色和情節，使得故事更加複雜和引人入勝。