UNG酶在PCR中的作用主要是消除含有dU（脫氧尿嘧啶核苷酸）的DNA，以保證PCR結果的準確性和特異性。
UNG酶（Uracil-N-glycosylase，尿嘧啶-N-糖基化酶）可以選擇性水解斷裂含有dU的雙鏈或單鏈DNA中的尿嘧啶糖苷鍵，形成缺失鹼基的DNA鏈，在鹼性介質和高溫下進一步水解斷裂，從而消除dU-DNA。在PCR反應中，如果以dUTP取代dTTP，那麼PCR產物都是含有dU的DNA鏈。在PCR開始前增加一個50℃的保溫步驟，UNG酶便能降解反應體系中已有的含dU的DNA污染物中的尿嘧啶鹼基，在隨後的變性步驟中DNA鏈會斷裂，從而消除由污染DNA產生的擴增。這保證了擴增結果的具體性和準確性。同時，UNG酶在95℃時滅活，不會再降解新擴增的產物。
此外，UNG酶對RNA無活性，主要套用於PCR擴增產物的防污染。