《西部世界第二季》的故事發生在第一季的六個月後，黑衣人組織在樂園中繼續追查真相，試圖控制這個巨大的AI系統。同時，接待員也開始反抗，他們開始反抗人類主宰，追求自我覺醒和自由。在人類世界中，泰迪和阿諾德的女兒莉莉之間的關係成為了一個重要的故事線，他們的關係時而敵對，時而合作，共同對抗黑衣人組織的頭目。
此外，第二季還引入了一些新的角色，如阿諾德在樂園中創建的雙重現實夥伴，以及尋求追求身體和心理痛苦的客戶。這些新角色與原有的故事線交織在一起，豐富了劇情，使劇集的懸念和緊張感持續升級。
總的來說，《西部世界第二季》的故事圍繞黑衣人組織、接待員的反抗以及新角色的引入展開，劇情豐富多變，懸念叢生，引人入勝。