去貴船神社的方式主要有兩種：
乘坐公交車：從琉璃光院出來，可以乘坐19路公交車到原路返回的叉路，這裏有指示牌指向比叡山電車站。在這裏可以乘坐出租車直接前往貴船，或者乘坐比叡山小火車，中間需要在寶池站換乘去鞍馬貴船的小火車。到達貴船站後，出站後馬路對面坐33路公交車直接到終點站貴船口下車。
徒步：從琉璃光院出來，可以選擇徒步前往貴船神社。徒步過程中可以欣賞沿途的自然風光，如潺潺的溪流、未成熟的桑葚，以及施工的攀巖人員。一路上還可以看到紅葉，感受季節的變化。徒步大約需要30分鐘到1小時，沿途有指示牌，可以跟着指示牌走。
如果選擇徒步，建議直接打車到奧宮，從奧宮開始徒步，一路走下來更輕鬆。沿途有川牀料理的餐廳，價格大約在10000日元左右的套餐。在奧宮到貴船神社的路上，還有一家咖啡甜品店。貴船神社不大，大約5分鐘就可以逛完。逛完後，可以乘坐33路公交車去電車站，注意33路的末班車時間是6點50。