《雲中歌》的結局是雲歌為了救治劉弗陵，答應嫁給孟珏，但孟珏未能成功救治劉弗陵，劉弗陵最終病逝，並將皇位傳給了劉詢。雲歌被安排出逃，但最終被劉詢捉回，遭受霍成君的鞭打，在苦牢中發現自己懷孕，但後來被孟珏灌下墮胎藥，導致她心灰意冷。雲歌為了報復孟珏而嫁給他，但經歷了一系列生死離別後，她終於了解到真相，即劉弗陵是被劉詢所害。在考慮為劉弗陵報仇後，雲歌決定放棄這個念頭，帶著對劉弗陵的回憶遠走。最終，孟珏被劉詢埋伏的暗箭所殺。
其他角色的結局如下：
紅衣在劉賀奪皇位的途中失血而亡，劉賀日夜守候在其棺前痛哭失聲，最後在許平君和雲歌的幫助下亡命天涯。
許平君因霍成君的迫害而難產去世，至死未見劉詢一面，抱憾而終。
上官小妹帶著對劉弗陵的回憶在深宮中終老。
劉病已在登上皇位後為了保護皇後裝作對她不關心，但在皇後懷孕臨產時，皇後因難產去世。
劉病已在霍光一次大戰回來後設計讓他過度開心而死，霍成君被揭露假懷孕的事實後被打入冷宮，最終自盡。
雲歌在樹上綁上白條等待孟珏，孟珏在得知真相後決定辭去太傅一職去找雲歌，最終兩人和解。
整個故事充滿了情感的糾葛和復仇的衝突，最終以雲歌的原諒和放下以及孟珏的犧牲作為結尾。