三方晶系（Trigonal System）是晶體學中的一個分類，屬於中級晶族。其特徵對稱元素為三重對稱軸，可以劃分為六方晶胞的菱面體晶胞。三方晶系的晶體通常表現出特定的巨觀物理性質和理想外形，常見的晶體形態包括三方柱、三方雙錐、菱面體等。此外，三方晶系也與特定的晶格參數相關，如a=b=c, α=β=γ<120°≠90°。
三方晶系與六方晶系在配位數和原子排列方面存在差異，三方晶系的配位數為6，原子排列更緊密，而六方晶系的配位數也為6，但其原子排列相對鬆散。此外，三方晶系中的原子通常與六個相鄰原子形成等邊三角形，而六方晶系中的原子則與六個相鄰原子形成六邊形。
三方晶系的典型代表包括石英（水晶）家族，它們具有導電性和壓電性，能在能量釋放處形成尖端，所有能量通過這樣的結晶結構後，可以以超過原本能量數倍的方式從特定方向釋放。