不動產證和房產證主要在以下幾個方面有所區別：
名稱和包含的內容不同。不動產證全名為《中華人民共和國不動產權證書》，而房產證全名為《中華人民共和國房屋所有權證》。不動產證包含了房產和土地證的內容，即集體土地所有權、房屋及建築物構築物所有權、建設用地使用權、宅基地使用權、地役權、抵押權等不動產物權；房產證主要證明房屋所有權。
防偽特徵不同。不動產證上有雷射防偽標識（鐳射區）和二維碼，二維碼掃描後可以查看電子版的房產分戶圖和幢宗地圖，具有防偽功能。
發證機關不同。不動產證由縣級以上人民政府確定的不動產登記機構頒發，如國土資源局；房產證則由市（縣）房地產管理局或市人民政府頒發。
內容和布局不同。不動產證內容更簡明扼要，包括權利人、共有情況、坐落、不動產單元號、權利類型、權利性質、用途、使用期限和權利其他狀況；房產證內容較為複雜，包括房屋所有權人、共有情況、房屋坐落、登記時間、房屋性質、規劃用途、房屋狀況和土地狀況等。
版本不同。不動產證有兩種版本，單一版和集成版，單一版記載一個不動產單元上的不動產權利，集成版記載同一權利人在同一登記轄區內享有的多個不動產單元上的不動產權利；房產證只有一個版本。
費用不同。辦理不動產證時，測繪和制證成本費只收取一次；辦理房產證時，需按土地面積和房產面積分別進行兩次測繪和繳納兩份制證成本費。
法律效力不同。不動產證是證明不動產權利的法定憑證，具有法律效力；房產證僅是房屋管理部門頒發的房屋權屬證明，不具有法律效力。