根據提供的信息，中建三局最好的分公司可以從不同的角度來評價，具體如下：
號碼公司：
一公司：規模最大，覆蓋範圍廣，實力強勁。
二公司：同樣表現出色，與一公司、三公司並稱為三局最強。
三公司：同樣具有顯著的行業影響力。
直營(區域公司)：
總承包公司：全國範圍內經營，與號碼公司相當。
西北公司：近年來發展迅速，效益顯著。
東北公司：雖然被合併，但仍有其存在價值。
其他類型公司：
大項目管理公司：以中國尊為基礎設立，專注於大項目的總承包管理。
成都軌道交通指揮部：專注於捷運項目的探索，隨著成都捷運建設力度的加大，其業務前景廣闊。
工程技術研究院：回響國家號召，進行工程設計方面的探索。
綜上所述，中建三局最好的分公司可以從規模、效益、業務範圍等多個維度進行評價，不同的分公司在不同領域和業務板塊中均有出色的表現。因此，沒有絕對的「最好」，而是根據不同的評價標準和業務需求來決定。