主根，亦稱「初生根」，是由胚根發育而成的根。主根具有強烈的向地性，可垂直向土層深處生長，一般栽培的灌木型茶樹根系可深入1米以下的土層。主根發育過程需要經過兩個過程：胚根在胚軸方向的定向伸長和胚根中細胞分裂的激活。主根在縱向由下到上可以分為4個區域：根冠、分生組織區、伸長區、成熟區。分生組織區是細胞進行有絲分裂的區域，根據細胞分裂活躍程度的不同，又把分生組織區分為頂端分生組織區和基部分生組織區兩個部分。伸長區的細胞最終不能夠再在縱向上繼續伸長，成為成熟區細胞。成熟區的特徵之一是根毛細胞的出現，因此也常被稱作根毛區。
按照發生部位的不同，可以將根分為主根、側根和不定根。側根和不定根又稱為次生根。主根上直接發生的側根稱為一級根，著生在一級根上的是二級根依次類推。起初側根的生長與地面平行，以後轉向地下生長。