九元航空作為廉價航空公司，其航班的安全性與機票價格無關，所有執飛的飛機都需要經過嚴格審查才能飛行。九元航空一般執飛的航線屬於常規線路，很少直飛長航線或危險線路，因此在這些方面無需過度擔心。由於是廉價航空，飛機的使用頻率較高，當日飛行班次也較多。儘管九元航空的飛機是波音737系列，這一系列飛機在全球分布廣泛，數量眾多，且具有較高的安全性，但任何航空公司的安全都取決於多種因素，包括飛行員的操作、飛機維護、空管和機場的協調等。歷史上，九元航空曾發生過一起貨艙火警事件，機組和相關部門及時妥善處理，確保了所有旅客和機組人員的安全。因此，九元航空的總體安全性是可以信賴的。