五氯硝基苯的使用方法主要包括土壤處理和種子處理兩種方式。在土壤處理中，每畝可以使用40%的五氯硝基苯粉劑0.5公斤拌細土10-20公斤，撒在根部周圍，用於防治白菜、萵筍、豌豆等的菌核病。此外，還可以在播種溝內或播種前撒入一定量的五氯硝基苯粉劑，具體用量為3-5公斤，以防治甘藍根腫病。對於馬鈴薯瘡痂病，可以使用0.5公斤藥液灌根，或者使用1.5-2.5公斤的五氯硝基苯粉劑撒在播種溝內後翻入土中。
種子處理時，可以將五氯硝基苯與50%福美雙可濕性粉劑、50%多菌靈可濕性粉劑或50%克菌丹可濕性粉劑按1:1的比例混合後拌種或土壤處理，以擴大防病種類並提高防治效果。
在使用五氯硝基苯時，應注意不要讓藥劑與作物幼芽接觸過多，以免產生藥害。特別是在使用藥土覆蓋種子後，應對苗木使用清水清洗乾淨，避免產生藥害。此外，五氯硝基苯還可以與其他藥劑如敵克松或代森鋅混用，比例為五氯硝基苯75%，其他藥劑占25%，用藥量為4~6g/m²，配成藥土撒在播種行中，或者配成藥液噴灑在幼苗上。
在使用五氯硝基苯時，應採取適當的個人防護措施，如穿戴防護衣、褲和戴口罩、手套，以防止藥劑接觸皮膚和從口鼻吸入。操作時嚴禁吸菸、喝水、進食。貯存時應防潮、日曬，並保持良好通風，不得與食物、種子、飼料等混放。若藥劑接觸眼睛引起紅腫、流淚、結膜炎等症狀，應立即就醫。若誤服引起中毒，應採用對症治療。