水源保護是指爲防止因水資源不恰當利用造成的水源污染和破壞，而採取的法律、行政、經濟、技術、教育等措施的總和。
其目的是保護水資源，維持水資源的良性循環狀態，以實現水資源的永續利用。水源保護的核心是調整和控制人類的各種取用水行爲，確保水資源系統的健康運行。這包括對飲用水水源地、重要漁業水體、風景名勝區水體等特別重要水體的特殊保護，以及對地表水、地下水的水質保護。
爲達到這些目標，通常會劃定特定的保護區，如一級和二級保護區，並在這些區域實施特殊的管理措施，如設置警示標誌、防護設施等，以防止污染和保護水質。同時，還會採取措施如制定水功能區劃、控制泥沙含量、水生態修復、水量水質監測等，以實現水資源的合理開發、管理和利用。