鹼基互補配對原則是生物體中遺傳物質複製和轉錄的基本規律。
鹼基互補配對原則是指在DNA或某些雙鏈RNA分子結構中，由於鹼基之間的氫鍵具有固定的數目和DNA兩條鏈之間的距離保持不變，使得鹼基配對必須遵循一定的規律，腺嘌呤(A)總是與胸腺嘧啶(T)配對，鳥嘌呤(G)總是與胞嘧啶(C)配對，在RNA中，腺嘌呤(A)與尿嘧啶(U)配對，鳥嘌呤(G)與胞嘧啶(C)配對。這種配對方式形成兩個氫鍵，而在DNA雙螺旋結構中，位於兩條方向相反、相互平行的多核苷酸鏈上的嘌呤嘧啶鹼基，圍繞著螺旋軸，通過形成氫鍵，互相搭配成對，這種鹼基配對方式也被稱為鹼基互補原則。