在《侍道3》中，遊戲操作和玩法涉及多個方面。以下是相關介紹：
選單操作。通過按「Start」鍵打開選單，在選單界面，按住RT鍵可以打開快速跳轉界面，並按下相應按鍵進行快速跳轉。
回血和調整時間。在高種村有一間屋子，可以在這裡睡覺回血，也可以儲存刀和道具。每個地圖都有琵琶樂師可以存檔，但需要注意的是琵琶樂師死後無法復活。
白天與黑夜。遊戲中時間流逝迅速，有秒、分、小時、天，因此有晨昏變化。某些NPC只在特定時間段出現，需要調整時間。所有NPC都只有一條命，除了任務中的NPC和隨機刷的殺人狂、小偷以外，殺了的話這周目就再也看不見了。
隱藏結局。名為「鬼的傳說」的隱藏結局，達成條件是把所有人都殺了。
劇情走向。遊戲劇情根據玩家參與的事件決定最終的劇情走向，事件不再與時間綁定，一個事件可以現在去觸發，也可以過幾天再說。地圖上會有特殊事件的標記。
委託任務。遊戲中有四個勢力的任務是主要的，分別是高種村的美、御乾鎮的阿龍、實利城的常次和天奈成的清成。