光合微生物主要包括以下幾類：
海葵：部分海葵可以進行光合作用，例如溝迎風海葵（Snakelocks anemone）和華麗海葵，它們體內存在寄生藻類。
扁形蟲：一些扁形蟲也能進行光合作用，如亮綠色的Symsagittifera roscoffensis體內寄生有Tetraselmis convolutae藻類，而鏽褐色的扁形蟲種類體內可能含有共生藻類。
光合細菌：這是一類能進行光合作用的原核生物，包括藍細菌、紫細菌、綠細菌和鹽細菌。它們在厭氧、光照條件下進行光合作用，不產生氧氣，並能在改善水體環境、促進水生生物生長增重等方面發揮作用。
其他光合微生物：光合細菌在分類學上有紅螺菌科、着色菌科、綠色菌科、曲綠菌科等科，它們利用小分子有機物而不是二氧化碳來合成自身生長繁殖所需的養分。
以上是已知的一些能夠進行光合作用的微生物，它們在自然界中扮演着重要的角色。