函授本科與全日制本科在教育體系、學習方式、考試難度、學歷性質、招生對象等方面存在顯著區別：
教育體系不同。函授本科屬於成人繼續教育體系，而非全日制；全日制本科屬於國家普通高等教育體系，是全日制的。
學習方式不同。函授本科以自學為主，結合定期的線下面授；全日制本科則是在校全天學習，由老師授課指導。
考試難度不同。函授本科的考試難度相對較低，且考試機會多，對考試次數的限制較少；全日制本科的入學考試通常是全國統一高考，難度較大。
學歷性質不同。函授本科的學歷是成人教育學歷，而全日制本科屬於普通高等教育學歷，含金量更高。
招生對象不同。函授本科主要針對的是已經離開正規學校的社會人員，如在職人員、待業人士等；全日制本科主要針對應屆高中畢業生和應屆專科畢業生。
學制不同。函授本科的學制通常較短，例如專升本2.5年，高起本5年；全日制本科一般學制為4年。
儘管函授本科的含金量不如全日制本科，但兩者在社會上是平等的，都享有同等待遇，可以考研、考公務員等。