《刺客信條》的故事線大致可以分為三代，每一代都有各自的主線故事和背景設定。
* 第一代故事線，也就是《刺客信條》初代，主要講述了主角艾吉奧在義大利中世紀時期，為了拯救自己的家族和保護自己的國家而成為一名刺客的故事。
* 第二代故事線，也就是《刺客信條2》和《刺客信條：兄弟會》，主要講述了在文藝復興時期的義大利，主角康納為了尋找殺害自己父母的仇人，同時也要成為一名刺客來保護自己的故事。
* 第三代故事線，也就是《刺客信條：啟示錄》，主要講述了在未來的美國，主角阿圭拉為了拯救自己將死去的身體，同時也要成為一名刺客來保護自己家族的故事。
此外，《刺客信條》系列還有許多支線故事，比如主角的童年經歷、兄弟會的建立和發展、聖殿騎士的起源等等。這些故事情節相互交織，共同構成了《刺客教條》完整的故事線。