包埋盒的尺寸有多種，根據不同的用途和樣本大小，具體如下：
WG-BMH-02條孔無蓋包埋盒的尺寸有40×28×6毫米。
縮醛聚合塑膠材質的包埋盒，內部尺寸為29×25×11毫米。
PVC塑膠材質的包埋盒底模，內部尺寸為37×24×10毫米，可容納5毫升體積的樣本。
專門用於較大樣本的石蠟包埋盒，其內部尺寸有64×48×13毫米。
用於細小組織標本的包埋盒，尺寸包括25×25×5毫米、70×80毫米、40×50毫米等。
此外，還有用於電器安裝的預埋底盒，其尺寸通常為86×86毫米，但也有其他規格，如86×36毫米。