北疆和南疆主要在地理氣候、歷史文化、民族文化、經濟發展、語言文字以及風俗習慣等方面存在不同。具體如下：
地理氣候。北疆位於準噶爾盆地，氣候較爲溼潤，夏季相對較涼爽，冬季潮溼而寒冷；南疆位於塔里木盆地，氣候乾燥，夏季溫度較高，冬季較溫暖。
歷史文化。北疆有着悠久的遊牧文化，歷史上是蒙古草原遊牧民族的發源地，有豐富的草原文化和景點，如天山天池、喀納斯湖等；南疆曾是絲綢之路的重要通道，有多種文化交流的地區，擁有豐富的文化遺產和景點，如喀什老城、和田玉都等。
民族文化。南疆主要是維吾爾族和其他少數民族的聚居地，其文化、語言和傳統習俗在當地得到很好的保留和傳承；北疆漢族人口較多，漢族文化更普遍。
經濟發展。南疆以農業爲主，特別是棉花、水果和畜牧業，還有一些輕工業和手工業，北疆以畜牧業爲主，同時有一些重工業和新興產業。
語言文字。南疆的維吾爾族人使用維吾爾語和維吾爾文，北疆的漢族人使用漢語和漢字。
風俗習慣。南疆的維吾爾族人有獨特的婚禮習俗和傳統節日，如肉孜節、古爾邦節等；北疆的漢族人有春節、中秋節等傳統節日。