南瓜子仁的吃法多種多樣，可以根據個人口味選擇不同的烹飪方式：
烤南瓜子。將南瓜子曬乾後放入烤盤，加入鹽水攪拌均勻，放入預熱至130度的烤箱中層，烤40分鐘，中途需翻動以確保均勻受熱。
南瓜子軟歐。將高筋麵粉、全麥粉、牛奶、酵母、赤砂糖、鹽和熟南瓜子混合，揉至麵團出筋後發酵、整形，並在表面撒上麵粉和割包，最後在預熱至200℃的烤箱中烤20分鐘。
南瓜子酥。將南瓜子仁炒熟後，與白糖和水混合熬製成糖漿，然後迅速倒入南瓜子仁翻拌，擀平整形後切割。
南瓜子鳳梨包。將高筋麵粉、低筋麵粉、雞蛋、酵母、食鹽、奶粉、水和白糖混合揉成麵團，發酵後分割成小份，包裹在鳳梨皮中，最後烤制。
乾炒南瓜子仁。將南瓜子仁放入鍋中，加入適量的鹽和五香粉，乾炒至出香味。
直接食用。南瓜子仁也可以直接剝殼生吃，或者加入到糕點中食用。
除了以上方法，還可以將南瓜子仁加入到各種烘焙食品中，如餅乾、蛋糕等，或者製作成南瓜子粥等。