印尼的主要港口包括：
雅加達港：位於印尼爪哇島的西北沿海雅加達灣的南岸，瀕臨爪哇海的西南側。雅加達港是印尼最大的貨櫃港口，外貿吞吐量占印尼輸入的50%以上，主要貿易對象為日本、美國及新加坡等。
峇里巴板港：位於加里曼丹東南海岸，臨望加錫海峽，是印尼著名的油港，可以輸出各種成品油。
勿拉灣港：主要出口貨物有橡膠、棕櫚油、咖啡、菸草及茶葉等，進口貨物主要有大米、麵粉、化肥、石油和水泥等。
芝卡朗港：是一個公共內陸港口，作為Tanjung Priok海口的延伸門，提供一站式服務的貨物處理和國際進出口以及國內分銷的物流解決方案。芝卡朗港是印度尼西亞第一個也是唯一的綜合海關服務區，可以在芝卡朗港口完成和完成海關服務和清關。