哨兵鼠是一種特殊的動物，主要用於監控實驗大小鼠飼養環境中的病原及病原感染情況。它們通常與被監測動物的遺傳學背景相同，並且具有清晰的微生物背景。哨兵鼠的使用場景包括：
當被檢測動物數量龐大，導致抽樣檢測成本過高；
當被檢測動物較為珍貴，不能輕易犧牲；
當被監測動物本身是免疫缺陷動物或者進行過基因改造免疫功能異常，不適宜直接抽檢。
哨兵鼠通過直接接觸目的鼠或間接接觸髒墊料的方式對飼養區域進行病原微生物的檢測，並替代重要飼養群體進行健康體檢。它們尤其適用於對動物疫病的預防和控制，能及時偵查出病原體對人的威脅，及時預警有可能威脅人體的疫情，警告人類採取必要的防範措施。