地皮菇的保存方法有多種，可以根據需要的保存時間來選擇：
短期保存。可以將地皮菇放入冰箱冷藏，大約能保存3到5天。
長期保存。可以先將地皮菇清洗乾淨，然後曬乾或使用脫水機、烤箱徹底乾燥，乾燥後的地皮菇應存放在陰涼乾燥通風的地方，可以長期保存。另外，還可以使用鹽水或清水浸泡的方式短期保存，這種方法適用於更短時間的保存，大約能保存3到10天。
特殊方法。如氣調保鮮，通過控制環境的溫度、溼度及氣體成分來達到保鮮目的。將地皮菇儲藏於含氧量1%到2%、二氧化碳40%、氮氣58%到59%的氣調袋內，於20℃條件下可貯藏8天左右。
在保存地皮菇時，重要的是保持其乾燥和清潔，以防止黴變和腐爛。