基因分析方法涵蓋了多種技術，每種技術適用於不同的套用和目的。以下是一些常見的基因分析方法：
限制性內切酶分析法。這種方法利用限制性內切酶和特異性DNA探針來檢測基因變異。當DNA序列中發生突變時，可能導致某些限制性內切酶位點的改變，進而影響酶切片段在電泳中的遷移率，從而用於診斷。
DNA限制性片斷長度多態性分析(RFLP)。在人類基因組中，存在約200對鹼基的變異，這些變異導致個體間核苷酸序列的差異，即DNA多態性。某些多態性發生在限制性內切酶識別位點上，產生長度不同的片段。RFLP可用於遺傳病的診斷。
等位基因特異寡核苷酸探針雜交法。通過合成兩種寡核苷酸探針，一種對應突變基因的鹼基序列，另一種對應正常基因的鹼基序列，與受檢者的DNA進行分子雜交，以檢測基因突變。
聚合酶鏈式反應(PCR)。這是一種常用的基因檢測技術，可以通過擴增特定的DNA序列來進行基因分析。
直接測序法。直接測序法是一種準確度高的基因分析方法，通過測定DNA序列來確定基因變異。
分子信標法。這種方法採用標記的分子信標進行活體細胞內的基因分析，適用於檢測多種基因、點突變及缺失。
基因表達模式分析。包括亞細胞定位、螢光定量PCR、GUS染色和RNA in situ等方法，用於研究基因在特定時間和空間內的表達模式。
這些方法各有特點，適用於不同的研究領域和目的。