大米發黃的原因主要有以下幾點：
稻穀收割和處理不當。稻穀在收割後如果遇到陰雨天，未能及時乾燥和脫粒，濕谷堆在一起儲存時，米粒在穀殼中長時間包裹而發黃，這種情況稱為黃粒米。這種米粒通常可以正常食用，因為沒有病原菌污染和有毒有害物質的產生。
霉變。如果大米在潮濕環境下存放時間過長，或者大米本身含有的水分較高，就可能被黴菌污染。黴菌在適宜的條件下大量繁殖並產生毒性代謝產物，導致大米變黃。這種情況下的大米不建議食用，因為可能含有對人體有害的毒素，如黃麴黴素等，長時間食用這樣的米粒可能會引起健康問題，如腹痛、腹瀉、嘔吐等症狀。
儲存環境不當。如果大米存放的環境濕度和溫度控制不當，可能導致大米內部的脂肪酸和糖類物質發生氧化反應，從而使大米變黃。
此外，某些新型大米品種或經過特殊加工的大米（如添加了葉黃素、胡蘿蔔素等），其天然顏色可能就是黃色的。在選擇和食用大米時，應注意其存放環境和時間，以確保全全和健康。