《大追捕》是一部講述刑警林正忠（任達華飾）追捕連環殺人犯王遠陽（張家輝飾）的故事。王遠陽因姦殺少女依芸入獄，在獄中變成了一個性格怪異、人見人懼的啞巴殺手。出獄後，他捲入了一起謀殺案，受害者是中英混血指揮家徐翰林，而徐翰林正是依芸的父親。林正忠是負責調查此案的警探，他懷疑王遠陽是兇手，並開始追蹤王遠陽和徐翰林的女兒徐雪（文詠珊飾）。
劇情中，王遠陽對徐雪產生了興趣，而徐雪也感受到了被人跟蹤的壓力。在一次跟蹤中，王遠陽試圖救下被騷擾的徐雪，但最終沒有成功。警方在調查過程中發現，徐翰林家中20年前曾發生過命案，兇手就是王遠陽。然而，由於缺乏證據，王遠陽被釋放。林正忠繼續調查，發現王遠陽是一個耐力和毅力極強的人，他開始懷疑王遠陽與徐翰林的死有關。
在劇情的高潮部分，一場大地震發生，監獄中的犯人趁亂出逃。林正忠和一支特警隊組成追逃隊伍，在惡劣的環境和疫情中，成功抓捕了所有逃犯。在這個過程中，林正忠揭開了20年前謀殺案背後的秘密，並與王遠陽展開了一場激烈的追捕。最終，真相大白，王遠陽被繩之以法，而林正忠也在追捕過程中找到了妻子離奇自殺的真相。
《大追捕》通過這個故事，展現了在極端環境下，中國政府如何保障囚犯的人權，包括生存權和生命權，以及如何維護他們的人格尊嚴。