天眼通符的使用方式主要有兩種：
在遊戲《夢幻西遊》中，天眼通符可以用來顯示指定任務的NPC座標。例如，在捉鬼任務中，如果找不到鬼的準確座標，可以使用天眼通符來顯示鬼的準確位置，從而順利完成任務。使用天眼通符時，需要先領取任務，然後在任務開始後3分鐘內選擇取消任務，或者在任務開始40分鐘後如果還沒有完成，任務將自動取消。隊員有一定幾率獲得獎勵。此外，天眼通符不能用於找到假座標的任務，例如三界懸賞令任務，使用天眼通符是不能找到正確目標的。
在修行中，天眼通符是一種開啓天眼的道具。使用方式是，將符尾點燃，化成符灰，置於碗中，加入陰陽水（一半熱水，一半涼水），沉澱後喝上面乾淨溶液，底層灰棄之。服用後，自由盤靜坐，丹田呼吸法十分鐘，默唸金光咒49遍，意念感受能量進入眉心（印堂穴）。這種使用方式適用於有修行基礎的人，最快21天開啓，剩下的提昇天眼重境，所有人都可以開啓天眼，只要頭部有松果體。