治理水體的方法多種多樣，主要包括：
興修水利。包括修建水電站大壩、水庫以及城市水道排水管理，這些方法既可以蓄水、防洪，也可以發電和解決生活用水問題。
疏浚。清除河道、湖泊、河口中的障礙物，如礁石、沉船、樹木等，加深加寬過水斷面，提高洩洪能力。
建堤防。在河岸、湖岸、庫岸修建堤防護岸，防止洪水溢出。
河道整治。在多汊河道和分汊水道修建丁壩順壩，理順水流，建攔河壩或活動壩，人工調節流量，削減洪峰。
植樹造林。種植草皮，保護流域生態環境，以減小汛期來自地面和地下徑流量。
治理河流水庫上遊河岸。防止垮山、滑坡和土石流，以減小河流泥沙來源。
退耕還湖。增加水的去處，減少洪水爆發。
化學治理。將化學藥品投放到待治理水體中，利用化學反應對水體進行治理。
種植水生植物。在水體中種植經針對性選擇的水生植物，以淨化水質。
人工增氧治理。通過增氧機攪動封閉的水體，使封閉水體增氧達到除污淨化的目的。
這些方法的選擇取決於具體的水體情況和治理目標。例如，對於大型水體，可能需要興建大型水利工程如水庫和堤防；而對於小型水體或特定污染問題，則可能採用化學治理或生物治理等方法。