解剖老鼠的步驟通常包括以下幾個主要部分：
麻醉與固定。將老鼠放入密閉容器中，投入棉球進行麻醉，3至5分鐘後，老鼠會被麻醉。然後，將麻醉的老鼠仰放在蠟盤上，用大頭針釘住其四肢的掌部。
皮膚與腹部中線切開。用溼棉球將腹部中線的毛濡溼，提起生殖器前方的皮膚，用剪刀剪一小口，沿着腹中線剪到頷下，將皮膚向兩邊分離。接着剪開下腹部的肌肉，同樣沿着中線剪開肌肉到胸骨下緣。
胸部與腹部壁的解剖。向左側剪斷肋骨下端後，向前上方剪，直到斷開左邊鎖骨。右側也同樣處理後，就可以揭去胸部前壁，用大頭針固定左右腹壁，這樣就可以顯示出其內部器官的自然排列位置。
觀察器官。可以觀察到心臟的跳動情況，胸腹部間的膈，以及腸蠕動的情況。此外，還可以觀察消化系統（如門齒、臼齒、舌頭、食管、胃、腸、肝臟、膽囊、胰臟等），呼吸系統（鼻腔、氣管、支氣管、肺等），以及循環系統（心臟）。
取組織樣本。如果需要，還可以進行特定組織的取樣，如腎、肝、肺、心等。
在進行解剖時，需要小心操作，尤其是心臟和肺部等敏感部位，以免損傷這些器官。