孔雀魚可以通過以下特徵來區分公母：
身形和尾巴：公魚的身形通常比較瘦長，尾巴艷麗，而母魚看起來較圓潤，尾巴可能不如公魚艷麗。但也有部分品種的母魚尾巴同樣艷麗。
胎斑：母魚的後腹部會有胎斑，顏色因品種而異，如黑子母魚的胎斑為黑色，白子的母魚胎斑一般為橙色。公魚則沒有胎斑。
腹鰭：成年的孔雀魚可以通過腹鰭來分辨公母。母魚的腹鰭呈傘形，較大一片；公魚的腹鰭是條形的。
尾鰭形狀：公魚的尾鰭通常是三角形的，而母魚的尾鰭通常是圓形的。
肛門鰭：公魚的肛門鰭狹長，末端尖，母魚的肛門鰭較短，呈三角形或扇形。
這些特徵在孔雀魚幼年時期可能不太明顯，但隨著成長，特別是在三到四個月成年之後，這些特徵會變得更加明顯，從而準確分辨出孔雀魚的公母。