寬永通寶的分類方式多樣，主要包括以下幾種：
根據鑄造時間的不同，可以分為「古寬永」和「新寬永」。其中，「古寬永」的特點是寶字末兩筆相連，而「新寬永」的特點是寶字末兩筆分開。這一分類下，根據鑄地和鑄時的不同，還可以進一步細分為多種版別，如「二水寬永」「志津磨大字」「魚尾寶」「長尾寬」等，其中一些版別較為少見。
根據幣材的不同，寬永通寶分為金、銀、銅、鐵、鉛等類型，銅錢又可分為紅銅、黃銅、青銅等，其中紅銅最常見。
根據背文的不同，寬永通寶有光背、背星點、背月紋、背水波紋、背紀年、紀地、紀值等類型。背文的出現可能與不同的鑄造地點、時間或特殊意義相關。
根據書體的不同，有「坂本草永」「仙台坡寶」「竹田異永」等特色版別。
根據形狀和特徵的不同，如「寬緣大型錢」「奴錢」「小字鉛質樣錢」，以及背有「白鶴過海圖」的新寬永等。