崔彤的建築作品包括《生長的秩序》（《建築學報》2013年第3期）、《源於場所的建構》（《新建築》2012年第6期）、《山水之間：中科院研究生院新校區》（《建築創作》2010年第5期）、《景觀生態學原理指導下的校園規劃設計》（《建築學報》2009年第5期）、《新與舊——重構過去中的未來》（《建築學報》2007年第6期）和《重構平衡——外交使館作為一種建築類型》（《世界建築》2006年第8期）等。
此外，崔彤還設計了國家開發銀行（復內4—2項目）中的泰國曼谷·中國文化中心、中國工藝美術館、中國科學院國家科學圖書館、北京林業大學學研中心、中國科學院化學所前沿交叉研究平台B樓、中國科學院計算技術研究所、中國科學院研究生院教學樓（中關村園區）、化學工業出版社、國家動物博物館·中國科學院動物研究所、721國家重點工程、北京太偉高爾夫俱樂部、輝煌時代大廈、歌華大廈、光大國際中心等建築。