己二胺的毒性較大，可以引起神經系統、血管張力和造血功能的改變。
吸入高濃度的己二胺可能會引起劇烈的頭痛、頭暈、噁心、嘔吐、手腳痳木等症狀，甚至更嚴重的反應如喉頭水腫、喉痙攣、呼吸困難、昏迷和休克。此外，長期接觸己二胺還可能損傷肝臟和腎臟，影響其正常代謝功能，並增加肺部感染的風險。皮膚接觸高濃度己二胺可能導致乾性或濕性壞死，而低濃度接觸則可能引起皮炎和濕疹。接觸己二胺還可能引起皮膚、眼睛和呼吸道的刺激，嚴重者可能出現化學灼傷和化學毒性反應。因此，在使用己二胺時應採取適當的安全措施，避免皮膚和眼睛直接接觸，並注意呼吸器保護。