微量元素肥料的使用方法主要包括以下幾種：
土壤施入法。將微量元素肥料作為基肥、種肥或追肥施入土壤。常用的方法有條施或穴施，這種方式可以節省肥料並提高肥效。土壤施用的微量元素肥料有一定的後效，因此隔年施用也是可行的。
植物體施肥法。這種方法主要用於微量元素的葉面噴施，包括拌種、浸種、蘸根和根外噴施。拌種是將微量元素肥料溶解後噴灑在種子上，陰乾後播種；浸種是將種子放入含有微量元素肥料的溶液中浸泡一定時間後播種；蘸根主要用於水稻等移栽作物，使用濃度為0.1%至1.0%；根外噴施是將稀釋後的微量元素肥料溶液噴灑在植物葉片上，這種方法適用於葉面施肥，可以提高肥效並避免土壤固定。
種子處理。在播種前，使用微量元素肥料的水溶液浸泡種子或拌種，這種方法可以大大節省用肥量。例如，硼酸或硼砂的浸種液濃度為0.01%至0.03%，大豆使用鉬酸銨拌種，每畝用量為10克至20克。
使用微量元素肥料時，需要注意以下幾點：
選擇正確的肥料。根據農作物缺失的元素選擇合適的肥料類型。
判斷使用時間。微量元素肥料通常應在生長過程的前期和中期使用。
合理使用量。根據所需元素的種類和缺失情況確定合適的使用量，一般每畝土地需要使用約1至2千克的肥料。
合適的施用方式。根據不同的需求選擇不同的施用方式，如噴灑、滴灌或施用固體肥料。
注意使用次數。一般而言，每個生長季節最多隻需要使用一到兩次微量元素肥料。
個別作物慎用銅肥。某些水果、蔬菜等作物對銅比較敏感，因此在使用銅肥時需要慎重。