《新世紀福音戰士》的故事圍繞著主角碇真嗣和他所在的小組進行，描述了他們如何應對一個神秘組織的侵略計畫，以及他們的心靈和情感成長。
碇真嗣是一個因為自身經歷而極度厭惡人類和外界事物的高中生，他的故事由一個神秘的物體“EVA”開始。他與EVA共同作戰，同時也嘗試理解和面對自己的孤獨和痛苦。他遇到了其他的少女戰士，這些戰士的個性和情感故事也是故事的重要部分。
此外，故事中還涉及到一些關於人類、靈魂、宗教、哲學、政治和科技等主題的討論，包括自由意志、人類與神的關係、人類的本質和未來等。
以上是對《新世紀福音戰士》故事的大致概述，更深入的理解需要閱讀相關的劇情解析或者原作。